根据人力资源社会保障部、公安部发布的《注册消防工程师制度暂行规定》，全国各省二级消防工程师资格证书注册有效期限相同，每一注册有效期为3年。因此，新疆二级消防工程师证书的有效期限也是三年。

在有效期内，全国各省二级消防工程师资格证书是相应级别注册消防工程师的执业凭证，可以从事消防技术咨询、消防安全评估、消防安全管理、消防安全技术培训、消防设施检测、火灾事故技术分析、消防设施维护、消防安全监测、消防安全检查等消防安全技术工作。如果需要申请初始注册，应当自取得一级、二级注册消防工程师资格证书之日起1年内提出申请。逾期申请初始注册时，需要符合《注册消防工程师制度暂行规定》继续教育要求。